■ 分析前にやっておくこと
(1) Rのインストール
(2) 作業ディレクトリの確認と変更をしておく
(3) 作業ディレクトリにデータを入れておく
(4) 必要なパッケージをインストールしておく
データの読み込み
分析使用データ(右クリックで「別名で保存」して作業ディレクトリに入れる)
dat <- read.csv("ch16meta.csv", header=TRUE, fileEncoding="CP932") # fileEncoding="CP932"はMacの場合入れる
もしくは,Excel を開いてデータ範囲をコピーしてから読み込む
(クリップボードからのデータ読み込み)
Macの場合
dat <- read.table(pipe("pbpaste"), header=TRUE) #header=TRUEで変数名を含む,FALSEにすると含まない
Windowsの場合
dat <- read.table("clipboard", header=TRUE) #header=TRUEで変数名を含む,FALSEにすると含まない
メタ分析の実行
library(meta) # metaパッケージ使用 metacor(dat$r, dat$n)
Fisher’s z や variance の計算
library(MAc) # MAcパッケージ使用 dat$var.r <- var_r(dat$r, dat$n) # variance of r dat$z <- r_to_z(dat$r) # Fisher's z dat$var.z <- var_z(dat$n) # variance of z dat
Forest plot 作図
library(metafor) # metaforパッケージ使用 # fixed effects で作図 res.fixed <- rma(dat$z, dat$var.z, data=dat, method = "FE") forest(res.fixed, transf=transf.ztor) # random effects で作図 res.random <- rma(dat$z, dat$var.z, data=dat) forest(res.random, transf=transf.ztor)
仲介変数(Moderator variables)ごとの分析
# Fixed effects macat(es = z, var= var.z, mod = student, data = dat, ztor = TRUE, method= "fixed") # z値とp値のみ確認用(上の出力中のzとpは正確なものではない) z.fixed <- macat(es = z, var= var.z, mod = student, data = dat, ztor = FALSE, method= "fixed") z.fixed$Model[8:9] # Random effects(Mixed effects) macat(es = z, var= var.z, mod = student, data = dat, ztor = TRUE, method= "random") # z値とp値のみ確認用(上の出力中のzとpは正確なものではない) z.random <- macat(es = z, var= var.z, mod = student, data = dat, ztor = FALSE, method= "random") z.random$Model[8:9]
Funnel plot 作図
# Fixed effects で作図 funnel(res.fixed) # Mixed effects で作図 funnel(res.random)